เนื่องจากสภาพพื้นที่เดิมของจังหวัดระยอง-ชลบุรี เป็นสภาพป่าที่ถูกทำลาย ราษฎรส่วนใหญ่ประกอบอาชีพการเกษตร และประสบปัญหาผลผลิตตกต่ำ รายได้ลดลง เนื่องจากขาดความอุดมสมบูรณ์ของดินและขาดแหล่งน้ำ กอรปกับถูกอิทธิพลของนายทุนขยายเขตการเป็นเจ้าของที่ดินเพิ่มขึ้น ซึ่งอาจมีผลกระทบต่อความมั่นคงของประเทศชาติได้ เมื่อทราบฝ่าละอองธุลีพระบาท พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร จึงได้พระราชทานพระราชดำริว่า บริเวณอ่างเก็บน้ำดอกกราย อำเภอปลวกแดง จังหวัดระยอง ซึ่งมีพื้นที่ประมาณ 1,300 ไร่ สามารถส่งน้ำมายังพื้นที่ดังกล่าวได้ และทรงแนะนำให้จัดเป็นศูนย์กลางอาชีพการเกษตรและศิลปาชีพพิเศษแก่ราษฎร ดังนั้น คณะทำงานโครงการพัฒนาตามพระราชดำริ จึงได้ดำเนินงานขั้นต้น ด้วยการจัดระบบการส่งน้ำปรับพื้นที่ โดยพระราชทานทรัพย์ที่พระราชทานมาเป็นเงินทุนหมุนเวียน จำนวน 3 ล้านบาท และมีผู้ขอพระราชทานน้อมเกล้าฯ ถวายคอกม้า คอกสุกร และคอกแกะ สร้างไว้ในศูนย์กลางการพัฒนาด้วย

          เมื่อวันที่ 14 กรกฎาคม 2523 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เสด็จพระราชดำเนินพร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และสมเด็จพระเจ้าน้องนางเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัครราชกุมารี กรมพระศรีสวางควัฒน วรขัตติยราชนารี มายังศูนย์กลางการพัฒนาการเกษตรและศิลปาชีพ แห่งนี้ และมีพระราชดำริว่า บริเวณอ่างเก็บน้ำดอกกราย อำเภอปลวกแดง จังหวัดระยอง ซึ่งมีพื้นที่ประมาณ 1,300 ไร่ สามารถส่งน้ำมายังพื้นที่ดังกล่าวได้ ทรงแนะนำให้จัดเป็นศูนย์กลางอาชีพการเกษตร และศิลปาชีพพิเศษแก่ราษฎร นอกจากนี้ยังได้พระราชทานแนวทางการพัฒนาไว้ 4 ประการ คือ
  (1) ให้พัฒนาด้านการเกษตร โดยเฉพาะด้านปศุสัตว์และการประมงเพื่อการบริโภค
  (2) ให้มีศูนย์ฝึกปฏิบัติการด้านการประกอบอาชีพ โดยมีแปลงสาธิตของราษฎรตัวอย่าง สร้างบ้านพักอาศัย ปลูกพืช และเลี้ยงสัตว์ควบคู่กันไป
  (3) ให้จัดเป็นศูนย์กลางการเลี้ยงปศุสัตว์ โดยให้ราษฎรยืมพ่อพันธุ์แม่พันธุ์ที่ดี ไปผสม หรือ เลี้ยงแล้วส่งลูกคืน
  (4) ให้มีศูนย์พัฒนาการเกษตร จะได้ศึกษาและเยี่ยมชม

          กองทัพภาคที่ 1 กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และกระทรวง ทบวง กรมต่างๆ ได้นำแนวพระราชดำริดังกล่าว ไปดำเนินโครงการโดยจัดตั้งคณะทำงานบริหารศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริจังหวัดระยอง-ชลบุรี โดยมีพระวรวงศ์เธอพระองค์เจ้าจักรพันธ์เพ็ญศิริ (ขณะนั้นทรงดำรงพระยศหม่อมเจ้าจักรพันธ์เพ็ญศิริจักรพันธ์) องคมนตรีเป็นองค์ที่ปรึกษา พลเอกปิ่น ธรรมศรี ผู้ช่วยผู้บัญชาการทหารบกเป็นประธานคณะทำงาน มีหน้าที่กำหนดนโยบายและเป้าหมาย ควบคุมการวางแผนปฏิบัติงาน ติดต่อประสานงาน กำกับดูแลการปฏิบัติงานให้สนับสนุนซึ่งกันและกัน ติดตามการวางแผนปฏิบัติงานแก้ไขปัญหาต่างๆ ให้บรรลุเป้าหมายตามพระราชดำริ และให้ประธานคณะทำงานมีอำนาจแต่งตั้งอนุกรรมการเพื่อรับผิดชอบและดำเนินการเป็นเรื่องๆ ไป และใช้ชื่อ “ศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริจังหวัดระยอง-ชลบุรี” โดยมีหน่วยงาน ร.21 รอ. ค่ายนวมินทราชินี จังหวัดชลบุรี เป็นผู้ประสานงานงานหลัก ซึ่งมีหน่วยงานสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ตลอดจนหน่วยงานสังกัดกระทรวงที่เกี่ยวข้องเข้ามาดำเนินการตามวัตถุประสงค์ของโครงการด้วยดี ทุกศูนย์ฯ มีความพร้อม และมีงบประมาณเข้ามาสนับสนุนอย่างต่อเนื่อง

          วันที่ 8 เมษายน 2534 สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงเสด็จเยี่ยมและติดตามความก้าวหน้าดำเนินงานศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดง ตามพระราชดำริ จังหวัดระยอง-ชลบุรี โดยมีพระกระแสรับสั่งให้ปฏิบัติงานตามที่พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ได้พระราชทานไว้ ให้เกิดประโยชน์กับประชาชนในพื้นที่ต่อไป

          เมื่อวันที่ 23 สิงหาคม 2540 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ได้มีพระราชกระแสรับสั่งในโอกาสที่ผู้อำนวยการโครงการพัฒนาตามพระราชดำริเข้าเฝ้าฯ ณ ศาลาดุสิดาลัย ซึ่งผู้อำนวยการโครงการพัฒนาฯ ได้กราบบังคมทูลรายงานว่า โครงการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ จังหวัดระยอง-ชลบุรี ได้ดำเนินโครงการได้มีความก้าวหน้ามากและทรงมีพระราชกระแสรับสั่งว่า “ที่ศูนย์ปลวกแดงให้จัดตั้งสหกรณ์เลี้ยงโคนม เช่นเดียวกับที่บ้านคลองทรายและบ้านท่ากระบากด้วย แต่ต้องศึกษาโครงการก่อนทำ ทรงแนะนำให้ราษฎรซึ่งเป็นกลุ่มเกษตรกรไปดูตัวอย่างก่อนที่สหกรณ์โคนมหนองโพหรือสหกรณ์โคนมสวนจิตรลดาก็ได้” ขอให้จังหวัดระยอง พิจารณาน้อมนำพระราชกระแสดังกล่าวมาดำเนินการโดยได้ออกคำสั่งจังหวัดระยอง ที่ 1667/2540 ลงวันที่ 15 ตุลาคม 2540 เรื่อง แต่งตั้งคณะกรรมการโครงการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ จังหวัดระยอง-ชลบุรี คณะกรรมการย่อยชุดที่ 6 “คณะกรรมการจัดตั้งสหกรณ์เลี้ยงโคนม” ประกอบด้วย สหกรณ์จังหวัดระยอง เป็นประธานกรรมการ ปศุสัตว์จังหวัดระยอง ผู้อำนวยการสถานีบำรุงพันธุ์สัตว์ปลวกแดง และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง โดยมีหน้าที่ (1) ศึกษาโครงการก่อนทำ (2) การให้ความรู้ความเข้าใจแก่ราษฎรในโครงการ (3) การรวมกลุ่ม ราษฎรผู้สนใจ (4) การนำราษฎรไปศึกษาดูงานการเลี้ยงโคนม (5) การจัดตั้งสหกรณ์ (6) การตลาด (7) การสนับสนุนด้านต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง และ (8) อื่นๆ ที่ได้รับมอบหมายคณะกรรมการที่ได้รับการแต่งตั้งดังกล่าวได้พิจารณาดำเนินการตามบทบาทหน้าที่ที่กำหนดแล้วปรากฏว่า ศักยภาพพื้นที่โดยเฉพาะแหล่งอาหารของโคนมไม่เพียงพอ รวมทั้งสภาพและวิถีชีวิตของเกษตรกรไม่มีความเหมาะสมและเกษตรกรไม่มีความต้องการที่จะดำเนินการ โดยหัวหน้าหน่วยประสานงานศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริในขณะนั้น ได้รายงานให้ผู้อำนวยการโครงการพัฒนาตามพระราชดำริทราบแล้ว

          ต่อมาในปี พ.ศ.2544 หน่วยงาน ร.21 รอ. ได้ถอนตัวออกไปเพื่อปฏิบัติภารกิจอื่นๆ และมีการมอบหมายให้หน่วยงานที่อยู่ในพื้นที่โครงการฯ ผลัดเปลี่ยนหมุนเวียนกันเป็นผู้ประสานงานโครงการฯ หน่วยงานละ 2 ปี อย่างไรก็ตามการดำเนินงานที่ผ่านๆ มาก็ได้มีการทูลเกล้าฯ ถวายรายงานผลการดำเนินงานอย่างต่อเนื่องทุกปี

          ต่อมาในปี พ.ศ.2554 สำนักงาน กปร. ได้ทูลเกล้าฯ ถวายแนวทางการดำเนินงานโครงการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ จังหวัดระยอง-ชลบุรี ให้เป็นศูนย์สาขาของศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริ จังหวัดฉะเชิงเทรา แด่พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ซึ่งสำนักราชเลขาธิการได้มีหนังสือ ที่ รล 0005.2/14069 ลงวันที่ 16 กันยายน 2553 แจ้งว่า ได้นำความกราบบังคมทูลพระกรุณาทราบฝ่าละอองธุลีพระบาทแล้ว และได้จัดตั้งให้ “ศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดง ตามพระราชดำริ จังหวัดระยอง” เป็นศูนย์สาขาของศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริจังหวัดฉะเชิงเทรา ตามคำสั่งคณะกรรมการบริหารโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ที่ 7/2554 ลงวันที่ 30 มีนาคม 2554 และได้มีคำสั่ง ที่ 8/2554 ลงวันที่ 30 มีนาคม 2554 เรื่อง แต่งตั้งองค์กรบริหารโครงการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ จังหวัดระยอง ประกอบด้วย (1) คณะอนุกรรมการดำเนินงานศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริจังหวัดระยอง โดยมีผู้ว่าราชการจังหวัดระยอง เป็นประธานอนุกรรมการ หน่วยงานที่เกี่ยวข้องเป็นอนุกรรมการ และเกษตรและสหกรณ์จังหวัดระยอง เป็นอนุกรรมการและเลขานุการ (2) แต่งตั้ง ผู้อำนวยการศูนย์ส่งเสริมและพัฒนาอาชีพการเกษตรจังหวัดระยอง เป็น “ผู้อำนวยการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ จังหวัดระยอง” จนถึง 2 มกราคม 2562

          ต่อมาในปี พ.ศ. 2562 สำนักงาน กปร. ได้มีการปรับปรุงองค์ประกอบ และบทบาทหน้าที่คณะอนุกรรมการดำเนินงานศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริจังหวัดระยอง ใหม่ให้เข้ากับสถานการณ์ที่เปลี่ยนแปลงไป โดยได้มีคำสั่งคณะกรรมการบริหารโครงการศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ที่ 5/2562 ลงวันที่ 3 มกราคม 2562 เรื่อง แต่งตั้งคณะอนุกรรมการดำเนินงานโครงการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ ศูนย์สาขาของศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ประกอบด้วย (1) คณะอนุกรรมการดำเนินงานโครงการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ โดยมีผู้ว่าราชการจังหวัดระยอง เป็นประธานอนุกรรมการ หน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เป็นอนุกรรมการ และเกษตรและสหกรณ์จังหวัดระยอง เป็นอนุกรรมการและเลขานุการ รวม 40 ท่าน (2) แต่งตั้ง ผู้แทนกรมส่งเสริมการเกษตร เป็น “ผู้อำนวยการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ”

          ทั้งนี้ กรมส่งเสริมการเกษตร ได้มีหนังสือที่ กษ 1001/4383 ลงวันที่ 21 พฤษภาคม 2562 เรื่อง ขอแจ้งผู้แทนร่วมเป็นอนุกรรมการดำเนินงานโครงการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงฯ ถึง เลขาธิการคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ โดยมอบหมายให้ผู้อำนวยการสำนักงานส่งเสริมและพัฒนาการเกษตรที่ 3 จังหวัดระยอง เป็น “ผู้อำนวยการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ” และสำนักส่งเสริมและพัฒนาการเกษตรที่ 3 จังหวัดระยอง ได้มีหนังสือ ที่ กษ 1014/743 ลงวันที่ 17 พฤษภาคม 2562 เรื่อง มอบหมายผู้แทนกรมส่งเสริมการเกษตร เป็น ผู้อำนวยการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ จังหวัดระยอง โดยมอบหมายผู้อำนวยการศูนย์ส่งเสริมและพัฒนาอาชีพการเกษตรจังหวัดระยอง เป็น “ผู้อำนวยการศูนย์บริการการพัฒนาปลวกแดงตามพระราชดำริ”